Episodio n.2: "Nautilus"
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La "Macchina" continua a mandare i numeri a Reese, l'uomo vuole coinvolgere anche Finch a causa del fatto che Harold non ne vuole più sapere di stare dietro ai numeri, ma Reese, con un piccolo inganno, lo porterà in un ristorante dove si trova la persona da salvare....si tratta di una brillante studentessa del College bravissima con i numeri! Finch decide di aiutarla, anche perché la ragazza stà facendo una specie di gioco molto pericoloso dove deve trovare degli indizi sparsi per tutta la città! Il problema è che la ragazza (di nome Claire), esperta di computer, ha hackerato degli importanti files ad una multinazionale intenzionata per questa ragione ad eliminarla dalla faccia della terra!!!
Dopo molte traversie e indizi, Harold riesce ad arrivare alla ragazza...cercherà di convincerla a non continuare il gioco, perché il mandante di questa situazione è Samaritan! Claire non accetterà e si recherà nell'ultimo luogo del gioco, lì verrà raggiunta dagli uomini della Multinazionale, ma tutti quanti verranno uccisi da lontano....al telefono, la ragazza leggerà un messaggio con scritto "Ti proteggerò io!", ormai è nelle mani di Samaritan!
La Multinazionale, che aveva deciso di creare un programma che tenesse sotto controllo gli americani (come la Macchina & Samaritan) verrà incolpata di qualcosa di losco, in modo che il programma da loro ideato non venga mai portato a termine, così Samaritan è l'unica Macchina che al momento il Governo usa! 
Ma non tutto il male viene per nuocere, non l'aver convinto Claire a fare la scelta giusta, Harold deciderà di riprendere ad aiutare Reese & Shaw contro Samaritan, in un nuovo "Quartier generale"....la guerra ha inizio!
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La "Macchina" continua a mandare i numeri a Reese, l'uomo vuole coinvolgere anche Finch a causa del fatto che Harold non ne vuole più sapere di stare dietro ai numeri, ma Reese, con un piccolo inganno, lo porterà in un ristorante dove si trova la persona da salvare....si tratta di una brillante studentessa del College bravissima con i numeri! Finch decide di aiutarla, anche perché la ragazza stà facendo una specie di gioco molto pericoloso dove deve trovare degli indizi sparsi per tutta la città! Il problema è che la ragazza (di nome Claire), esperta di computer, ha hackerato degli importanti files ad una multinazionale intenzionata per questa ragione ad eliminarla dalla faccia della terra!!!
Dopo molte traversie e indizi, Harold riesce ad arrivare alla ragazza...cercherà di convincerla a non continuare il gioco, perché il mandante di questa situazione è Samaritan! Claire non accetterà e si recherà nell'ultimo luogo del gioco, lì verrà raggiunta dagli uomini della Multinazionale, ma tutti quanti verranno uccisi da lontano....al telefono, la ragazza leggerà un messaggio con scritto "Ti proteggerò io!", ormai è nelle mani di Samaritan!
La Multinazionale, che aveva deciso di creare un programma che tenesse sotto controllo gli americani (come la Macchina & Samaritan) verrà incolpata di qualcosa di losco, in modo che il programma da loro ideato non venga mai portato a termine, così Samaritan è l'unica Macchina che al momento il Governo usa! Ma non tutto il male viene per nuocere, non l'aver convinto Claire a fare la scelta giusta, Harold deciderà di riprendere ad aiutare Reese & Shaw contro Samaritan, in un nuovo "Quartier generale"....la guerra ha inizio!
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...Reese, per far contenta il suo nuovo Capitano (la donna è nervosa perché stà cercando di smettere di fumare) cattura criminali in continuazione senza gambizzarli....ma uno dei suoi contatti lo porterà ad aiutare Fusco e il "seduttore"....l'uomo aveva lasciato il suo lavoro al porto perché non ne voleva sapere degli affari sporchi che c'erano da quelle parti, ma quelli con cui lavorava non erano d'accordo con lui, temendo che avrebbe spifferato tutto agli sbirri! :559: ...naturalmente Reese & Fusco salveranno l'uomo e la brutta situazione in cui era andato a cacciarsi, convincendo il "seduttore" ha testimoniare contro i suoi ex-amici di porto.... 
....Root & Finch, con il loro vagabondare, sono riusciti a far arrestare una banda di criminali dell'Europa dell'Est, tenendosi pure il missile....ma una sorpresa attende Harold: la Macchina gli ha fatto fare tutto quello solo per permettere a Finch di mettere le mani sulla mercanzia e sui soldi della banda....ora i nostri eroi sono di nuovo pieni di soldi, la guerra contro Samaritan può continuare!
), questo perché la detective Lennox è una Talpa della Fratellanza....lei ne approfitterà del parapiglia per svignarsela con i soldi!!! John, per salvare il ragazzo, che si era consegnato a Link, farà a cambio con lui, ma si scoprirà proprio in quel momento che la Lennox si è portata via i soldi....
....mentre i nostri eroi cercano di salvare Simon da un agente di Decima che sembra una Terminatrix, noi assistiamo a vari Flashback di Harold e su come abbia deciso che doveva insegnare alla Macchina a mettere la vita degli esseri umani al primo posto!!! :559: 
Grazie all'aiuto di Fusco & Shaw (che nel frattempo ha dovuto far parlare Harold con Bear perché il cane non mangia... 
), i nostri eroi scopriranno che Abel (il fratello morto) si era invischiato con il Contrabbando di Armi! 
...un ladro anche affascinante, che sembra molto attirare le attenzioni di Sameen! Per riuscire a capire se è un criminale o qualcuno da essere salvato, il gruppo farà in modo che una donna che lavora come sua complice venga arrestata (da Fusco 
...ed infatti il nuovo numero è proprio Elias!!!
...la cosa dovrebbe essere gestita da "Ricerca" con Samaritan al comando, ma a quanto pare il mega computer vuole fare come gli pare, mostrando a Controllo quanto sia lui a "controllare" e non la donna...i presunti terroristi verranno uccisi eccetto uno che riuscirà a filarsela via con l'Hard Disk del suo Pc, che Controllo ritiene importante, mentre il rappresentante di Decima (un vero rompiscatole) non è d'accordo!
Grice troverà il terrorista, informando Controllo, ma il suo Pc andrà letteralmente in fumo...per tutta risposta Controllo andrà lo stesso a Detroit per fermare il terrorista, diretto in Canada....durante l'appostamento però ecco arrivare l'uomo e la donna in passamontagna che si riveleranno essere Reese & Root! 
...Controllo non gli crede e di nascosto attiverà una ricetrasmittente che ha nell'orologio, facendo intervenire gli uomini di Ricerca per salvarla...ma questo era proprio quello che Harold voleva perché i nostri eroi sono a conoscenza di una spia di Samaritan all'interno dell'ISA, così attraverso un virus programmato da Finch avrebbero potuto, attraverso le frequenze che Samaritan usa per comunicare con la spia, colpire Samaritan per sapere dove si trova Sameen! Reese e Root vanno alla ricerca di Shaw, mentre Finch e Fusco tornano a New York! 
Costringendo il Sindaco a portarli nella Fabbrica più importante della città, entreranno per scoprire che il vero scopo della Fabbrica (..e di Samaritan) è creare dei congegni da impiantare nei cervelli degli esseri umani! 
....Weiss infatti entrerà in casa di Silva per ucciderla, ma lei & Fusco lo stavano aspettando ed in uno scontro a fuoco Dani ucciderà Weiss! 
